Harry Potter cumple la mayoría de edad (17 años), por lo que la protección mágica que tenía en casa de los Dursley se pierde. Luego de que Lord Voldemort intentara emboscarlos, los tres protagonistas se refugian en La Madriguera, donde reciben la herencia que les dejó Albus Dumbledore: una snitch, el desiluminador, un libro de cuentos escrito en runas y la espada de Godric Gryffindor. El trío, confuso, presume que estos objetos servirán en la búsqueda de los Horrocruxes —fragmentos del alma de Voldemort que deben ser destruidos para finalmente vencerlo—.
En este lugar también se celebra la boda de Bill Weasley con Fleur Delacour, donde observan en el colgante de uno de los asistentes, Xenophilius Lovegood, un extraño símbolo que se repetirá en distintas ocasiones. Tras un nuevo ataque por parte de los Mortífagos, que descubren el escondite, Harry, Ron y Hermione huyen al número 12 de Grimmauld Place.
Una vez allí, comienzan la búsqueda de los horrocruxes, que los obligará a transportarse y esconderse en distintos lugares del Reino Unido. Al quedarse sin pistas por donde continuar, buscan ayuda en el señor Lovegood, quien les explica que el símbolo que han encontrado repetidas veces representa las tres Reliquias de la Muerte: la Varita de Saúco—la más poderosa del mundo—, la Piedra de Resurrección —una piedra capaz de revivir a los muertos— y la Capa de Invisibilidad, entregadas a tres hermanos que se encontraron a la Muerte en un camino. Según la leyenda, quien domine estos tres elementos se convertirá en el «amo de la muerte» y lograría la inmortalidad.
Más tarde, el grupo es capturado y llevado a la Mansión Malfoy, de donde consiguen escapar, averiguando además el paradero de otro Horrocrux. Tras obtenerlo, acuden a Hogwarts al descubrir que allí se esconde otro. Logran destruirlos y se inicia la batalla entre las fuerzas del bien y los magos oscuros. Mientras tanto, Voldemort asesina a Severus Snape, creyendo que así obtendría control sobre la Varita de Saúco, ya que creía que Snape era el amo de ésta al haber matado a Dumbledore. Snape entonces revela su verdadera lealtad —una incógnita que se mantenía a lo largo de la serie—. A raíz de las memorias que le lega este último, Harry aprende que él mismo es un Horrocrux, por lo que debe morir para derrotar al Señor Tenebroso.
En la escena final, Harry se entrega dócilmente y es víctima de la maldición asesina. Sin embargo no muere, sino que despierta en una suerte de limbo donde el espíritu de Dumbledore le explica que el Horrocrux en él había sido destruido. Además, le hace saber que Malfoy, al desarmar a Dumbledore, y por tanto derrotándole, se había convertido en el dueño de la Varita de Saúco (no Snape como creía Voldemort), y Harry se da cuenta de que él, al haberle arrebatado anteriormente por la fuerza sus varitas a Draco (derrotándolo), era el nuevo amo de la varita. Tras esto, el joven mago regresa al mundo real y reinicia la batalla, en la que Voldemort, esgrimiendo la Varita de Saúco, cae víctima de su propia maldición asesina ante la incapacidad de ésta de atacar a su verdadero amo.
El libro finaliza con un epílogo, en el que cuenta la historia de los protagonistas diecinueve años después de la Batalla de Hogwarts, ambientada en el andén 9¾ de la estación King's Cross, cuando uno de los hijos de Harry Potter y Ginny Weasley (James Potter, Albus Severus Potter y la otra hija que todavía no va a Hogwarts llamada Lily Luna Potter) suben al Expreso de Hogwarts para asistir a su primer año escolar junto con los hijos de Ron Weasley y Hermione Granger, llamados Rose y Hugo Weasley.
